Como resultado de un estudio, basado en prospecciones de refugios cavernícolas que se viene desarrollando en la isla de Mallorca desde 2006, se descubrió el 2 de mayo de 2009 una hembra de murciélago ratonero pardo descansando durante el día en una grieta en el interior de un túnel en el Pla de Mallorca.
Entre los caracteres diferenciadores con respecto a otras especies del mismo género, se pudo observar la profunda escotadura que presenta en el borde exterior de la oreja, propio de la especie. Si bien, el primer rasgo que se observó fue su pelaje rubio rojizo dorsalmente y amarillento centralmente.
Como resultado de las prospecciones y de trampeos realizados en el túnel donde se halló el ejemplar de M. emarginatus, se ha podido documentar una pequeña colonia de Pipistrellus pipistrellus en su interior, así como que también es esporádicamente empleado como refugio diurno por algunos ejemplares de Rhinolophus hipposideros, Plecotus austriacus y Miniopterus schreibersii y que es empleado como refugio de descanso durante la noche por otras especies: Myotis escalerai, Pipistrellus pipistrellus, Hypsugo savii, así como de las especies anteriores.
El hallazgo de esta hembra de murciélago ratonero pardo supone la primera cita de esta especie en Mallorca, elevando a 18 especies de quirópteros presentes seguros en la actualidad en la isla.
El hecho de que esta especie haya pasado desapercibida hasta la fecha en Mallorca, así como los recientes hallazgos de nuevas especies de quirópteros para el archipiélago Balear (murciélago ratonero ribereño y murciélago de Nathusius), pone de manifiesto la falta de información de la cual se dispone sobre la fauna quiropterológica en las islas. La puesta en marcha, a partir de 2003, de una serie de estudios por parte miembros de
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